Madagascar Stratégie est un département de l’IEP Madagascar.  Il a pour objectif de contribuer avec d’autres entités à la détermination des grandes orientations pour l’avenir de Madagascar et ce en termes de développement économique, social, culturel, environnemental et politique, aussi bien à court termes qu’à long termes.
Madagascar Stratégie se veut être un centre de formation, de recherche d’expertise et de conseil. Elle animera un réseau de chercheurs, d’experts, d’organismes aussi bien nationaux qu’internationaux.

Historiquement, sous le constat de nécessité de réflexion sur le plan stratégique de développement de Madagascar, l’IEP Madagascar ne peut pas rester insensible au constat de manquement quant aux programmes de certains candidats à l’élection présidentielle Malagasy de 2018. De ce constat, IEP Madagascar a érigé un projet « élection Madagascar » qui portait dans des divers supports d’une grille de lecture des programmes de candidat dans l’optique d’aider les électeurs ainsi que les candidats à construire leurs programmes afin d’être conforme aux défis qui les attendent.
De ce projet, force est de constater l’intérêt des électeurs et politiciens à comprendre et à trouver les meilleures « stratégies » politiques, économiques, internationales etc… pour que Madagascar puisse sortir de la pauvreté et au-delà retrouver un développement harmonieux. 
L’ensemble des décideurs et acteurs politiques, économiques et sociaux est concerné par ce questionnement stratégique qui pourrait engager le pays sur le long terme,
Des thèmes récurrents sont soulevés tels que :
Avons-nous  besoin des bailleurs traditionnels FMI, Banque Mondiale ?
Quelle politique étrangère ?
Comment gérer nos ressources naturelles ?
Préférons-nous la croissance inclusive ?
Quelle défense pour nos côtes ? …
Mais au-delà de ces grandes d’orientations, des questions opérationnelles s’imposent :
Comment déterminer l’équilibre régional ?
Quelle unité pour réguler la sécurité nationale ? …

En lien pédagogique avec le département formation, Madagascar Stratégie est une structure légère dotée d’un secrétariat et d’un responsable projet, et des chefs de pôles thématiques non-permanents sous la direction d’un coordonnateur de projet à chaque mission. Madagascar Stratégie auront comme objectifs de faire une publication et d’un colloque (multithématique) annuel ainsi qu’une publication semestrielle d’actualité stratégique.

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